Os Programas de Pós-Graduação do IEE possuem cotas de bolsas da CAPES e do CNPq, para os Cursos de Mestrado e Doutorado, que são concedidas anualmente, conforme disponibilidade de Bolsas vagas e, considerando, além dos crítérios das Agências de Fomento, a condição socio-economica do aluno e sua classificação no Processo Seletivo.