O Instituto contribui com a formação na graduação de alunos de diferentes Unidades da USP, oferecendo importantes disciplinas optativas de Graduação. Atualmente, são 13 (treze) disciplinas oferecidas para diversos cursos de graduação na USP, propostas por nossos docentes a pedido de outras Unidades, como Escola Politécnica (EP), Instituto de Astronomia e Geofísica (IAG), Instituto de Física (IF), Instituto de Geociências (IGc) e Faculdade de Economia, Administração e Contabilidade (FEA), que reconhecem o importante papel do IEE como um órgão de integração.
O Ensino no Instituto está, administrativamente, sob os cuidados dos Serviços de Graduação e Apoio Acadêmico e de Pós-Graduação, ambos supervisionados pela Divisão Acadêmica do IEE.
